Kedua, terbatasnya guru Qur’an. Mata pelajaran Tahfizh Tahsin Qur’an (TTQ) merupakan mata pelajaran wajib yang diajarkan di seluruh SIT. Dengan jumlah jam paling banyak untuk setiap pekannya TTQ pun menjadi andalan SIT dalam upaya melahirkan generasi unggul dan berakhlak mulia. Sayangnya, pesatnya perkembangan SIT di berbagai daerah dalam beberapa tahun terakhir nyatanya tidak diimbangi dengan pertumbuhan lembaga – lembaga pendidikan yang berorientasi untuk mencetak guru – guru Qur’an. Akibatnya, kekurangan guru Qur’an pun kerap kali dialami oleh sebagian besar SIT.
Menyikapi permasalahan tersebut, ada dua langkah strategis yang sebaiknya diambil oleh pihak yayasan yang selama ini menaungi SIT. Pertama, mendirikan unit usaha tertentu dan memfasilitasi para guru untuk mendirikan serta mengembangkan koperasi sekolah. Hal tersebut perlu dilakukan untuk mengurangi beban biaya yang harus ditanggung oleh masyarakat untuk memenuhi kebutuhan operasional sekolah serta untuk menggaji para guru. Banyaknya siswa yang dimiliki oleh SIT merupakan peluang bagi koperasi sekolah apabila dikelola dengan baik. Selain itu membangun kemitraan dengan lembaga lain yang bersifat tidak mengikat pun perlu dilakukan oleh para pengurus yayasan.
Kedua, mendirikan Lembaga Tahfizh untuk memenuhi kebutuhan guru – guru Qur’an. Kekurangan guru Qur’an sebagaimana yang dialami oleh sebagian besar SIT dapat diatasi dengan cara mendirikan sekolah Qur’an. Pihak yayasan dapat memberikan beasiswa kepada siapa saja yang berminat untuk mempelajari Al-Qur’an lebih dalam untuk kemudian dikaryakan sebagai guru di SIT. Kebijakan seperti ini tentunya akan mampu menjawab kebutuhan SIT akan guru-guru Qur’an dibandingkan dengan memperebutkan para lulusan dari lembaga Tahfizh lainnya.