Karena siswa masih belum full tatap muka, maka beberapa masalah dan kendala masih bermunculan. Di sekolah kami, KBM diharapkan pimpinan dilakukan secara hybrid learning, yaitu pembelajaran kombinasi antara pembelajaran tatap muka dan online dari rumah. Yaitu, sebagian atau lima puluh persen siswa belajar tatap muka di sekolah, dan pada saat bersamaan sebagian lagi belajar via online dari rumah. Jika ada kendala, maka sewaktu-waktu strategi pembelajaran diadakan secara blended learning , yaitu kombinasi pembelajaran tatap muka di sekolah dan belajar mandiri di rumah. Misalnya sebagian siswa belajar tatap muka di sekolah sedangkan sebagian yang lain mengerjakan tugas mandiri di rumah. Tugas tersebut bisa dikumpulkan via online atau dikumpulkan langsung saat dapat giliran waktu ke sekolah. Biasanya giliran siswa masuk menggunakan sistem gantian antara siswa dengan presensi ganjil dan genap.
Hasil survei yang kami adakan di sekolah, ditemukan beberapa kendala dalam implementasi PTMT di sekolah, yaitu: pertama. Kendala jaringan internet yang unstable (tidak stabil). Meskipun di sekolah kami memiliki jaringan internet yang secara hitungan cukup/ bahkan lebih, tapi faktanya masih tetap terkadang jaringan tiba-tiba terputus. Setelah dicek, kendala tersebut disebabkan oleh belum maksimalnya jumlah akses point wifi di setiap sudut sekolah. Artinya sinyal wifi belum merata diterima di setiap sudut ruang sekolah. Sehingga perlu segera untuk diperbanyak akses point wifi-nya agar merata diakses setiap sudut sekolah.
Akses internet juga masih menjadi masalah bagi siswa yang sedang pembelajaran online dari rumah. Dari hasil pendataan lewat survey di sekolah kami, ditemukan siswa yang mempunyai jaringan wifi di rumahnya masih sekitar 85%. Artinya masih ada 15 % siswa yang menggunakan jaringan internet lain, seperti pulsa data. Artinya, ketika guru melaksanakan pembelajaran secara hybrid learning, masih ada siswa yang tidak bisa joint penuh dengan alasan kehabisan pulsa data. Masalah ini juga sudah dicarikan solusinya lewat adanya bantuan pulsa dari pemerintah dan sekolah dengan mengurangi sumbangan operasional ke sekolah sebesar Rp. 50.000,- / bulan/ siswa.