Meskipun kegiatan MGMP ini memiliki banyak manfaat, namun sayangnya banyak guru yang tidak aktif dalam kegiatan MGMP karena banyak kendala yang dihadapi, misalnya jam mengajar yang padat sehingga kesulitan untuk meninggalkan kelas. Kesibukan mengajar dan beban mengajar yang terlalu padat membuat sebagian guru kelelahan dan tidak sempat mengikuti kegiatan di luar jam mengajar seperti MGMP. Mereka lebih memilih untuk fokus mengajar yang menjadi kewajiban utamanya.
Kendala lain yang dihadapi misalnya pelaksanaan kegiatan MGMP terkadang lokasinya cukup jauh dari sekolah tempat guru mengajar, sehingga guru merasa malas untuk datang jauh-jauh ke lokasi MGMP. Apalagi jika harus bolak-balik dalam satu hari. Banyak yang menjadi pertimbangan ketika akan mengikuti kegiatan MGMP, termasuk biaya kegiatan MGMP,. Biaya transportasi dan partisipasi mengikuti kegiatan MGMP terkadang harus ditanggung oleh guru. Bagi yang memiliki keterbatasan biaya, hal ini jadi penghalang untuk aktif dalam MGMP, apalagi jika dilaksanakan di tempat yang jauh.
Partisipasi aktif dalam MGMP dapat memberikan motivasi dan etos kerja guru dapat meningkat. Guru akan merasa bahwa dirinya terus dikembangkan dan dihargai sebagai bagian penting dalam meningkatkan mutu pendidikan di sekolah. Oleh karena itu, kegiatan MGMP memang sangat penting dan bermanfaat untuk diikuti oleh para guru demi peningkatan kualitas pendidikan secara berkelanjutan. Guru yang tidak mengupdate ilmunya akan ketinggalan informasi dan wawasan keilmuan yang berkembang sangat dinamis. Kolaborasi adalah kata kuncinya.